این فیلم ادامه ماجراهای بلو و جیوئل را به تصویر می‌کشد. این طوطی‌های ماکائو که همراه سه بچه خود در ریو دو ژانیرو زندگی می‌کنند: کارلا، که عاشق موسیقی ست، بیا، که عاشق مطاله و کتاب است، و سومی، تیاگو، که خیلی هم شیطان است. از طرفی، صاحب سابق بلو، لیندا گاردنسون، و شوهر پرنده شناس او، تولیو، در حال  سفر در آمازون، یکی از پرهای طوطی نادر آبی رنگ را  که از آسمان بر زمین می افتد پیدا می کنند. بعد از اینکه این خبر به گوش جیوئل می رسد، تصمیم می گیرد که با خانواده اش به آمازون رفته و به دوستان انسان خود برای پیدا کردن این پرندگان کمیاب کمک کنند. بلو یک کوله پشتی پر از لوازم و خوار و بار، از جمله یک جی پی اس - علیرغم مخالفت جیوئل - همراه خودش می آورد. در عین حال، رئیس گروهی که غیرقانونی درخت های جنگلی را برای فروش قطع می کنند از سفر لیندا و تولیو  باخبر شده و به دستیاران خود دستور پیدا کردن و حبس آنها را می دهد که مانع کارشان نشوند. همچنین، دشمن قدیمی بلو و جیوئل، یعنی نایجل، که از سقوط هواپیما در قسمت قبلی جان سالم به در برده و دیگر قادر به پرواز نیست، در حال حاضر یک فالگیر حقه باز شده است. او وقتی بلو و جیوئل را در حال پرواز می بیند خیلی زود تصمیم به انتقام از آنها می گیرد. تمام این وقایع دست به دست هم داده و ماموریت بلو و جیوئل، و همچنین لیندا و تولیو را دشوار و پرماجرا می کنند...