چهار لاک پشت نینجای معروف فیلم - رافائل، میکل آنجلو، دوناتلو و لئوناردو - در تلاش اند که خلافکار شرور و بی رحمی به نام شرایدر را که از دست پلیس فرار کرده و خودش را بار دیگر به شهر نیویورک رسانده دوباره دستگیر کنند. در فیلم قبلی شرایدر سعی کرده بود یک ویروس مرگبار را در نیویورک منتشر کند اما لاک پشت های نینحا نهایتاً وی را دستگیر و روانه ی زندان کردند. حالا که شرایدر از دست پلیس دَر رفته به سراغ دانشمند دیوانه ای به اسم استوکمن می رود تا با استفاده از توانایی های مافوق بشری او – مثل قدرت جابه جایی و غیب کردن اشیاء-  و هیولاهای غول پیکری که قرار است با کمک وی درست کند نیویورک را به خاک یکسان کند. فرد شرور و بی رحم دیگری که شرایدر از او کمک گرفته یک غیرزمینی به اسم فرمانده کرانگ است که یک وسیله ی مرگبار روز قیامت درست کرده است. لاک پشت ها در حالی که باید این خطرات دست و پنجه نرم کنند که از پاره ای اختلافات درونی هم رنج می برند. در ادامه، آپریل گزارشگر تلویزونی هم وارد معرکه می شود تا با کمک لاک پشت ها دشمن مشترک شان از میدان به در کنند...