فیلم از جایی آغاز می شود که قسمت اول به پایان رسیده بود. توماس، قهرمان قصه، و همراهان جان به در بُرده اش – ترزا، نِوِت، مینهو و چند نفر دیگر – از راه پرخطری به یک مکان امن می روند. در اینجا، یانسِن، که اداره ی مکان امن را بر عهده دارد، به آنها وعده می دهد که به زودی به "سرزمین موعود" برده خواهند شد. یانسن از آنها می خواهد که فقط صبوری پیشه کنند و منتظر بمانند تا مقدمات سفر آنها فراهم شود. اما آریس جونز، پسری که از یک لابیرنت دیگر آمده، به حرف های یانسن و اساساً به خودِ او مشکوک است. توماس هم نظر آریس را درباره ی یانسن تایید می کند. دیری نمی گذرد که حقیقت آشکار می شود. در ادمه، توماس و گروه اش مجبور به فرار در صحرایی می شوند که انواع خطرات مرگبار در آن تهدیدشان می کند. در ادامه ی راه، توماس و تنی چند از همراهانش از بقیه جدا می افتند و متحدان جدیدی به نام های خورخه و برندا برای خود پیدا می کنند و...