فیلم با صحنه هایی از دوره ی نوزادی پیتر پن آغاز می شود. پیتر که پدر خود را از دست داده است توسط مادرش به یک یتیم خانه سپرده می شود. سپس ده سال به جلو می رویم. حالا جنگ جهانی دوم شروع شده و نیروی هوایی آلمان مدام مشغول بمباران لندن است. وضعیت در یتیم خانه بسیار بد و آشفته است. پسرها شب ها گرسنه به بالین می روند در حالی که راهبه هایی که مدیریت یتیم خانه را بر عهده دارند مدام مشغول پر کردن جیب هایشان هستند. یکی از کارهای خلاف این به اصطلاح راهبه ها فروش پسربچه های یتیم خانه به دزدان دریایی است. پیتر هم به یکی از این گروه از دزدان دریایی فروخته می شود. کشتی ای که او در آن کار می کند هدف حمله قرار می گیرد و سروکار پیتر به ناکجاآباد می افتد. او به زودی درمی یابد که در ناکجاآباد تنها دستورها و فرامین یک دزد دریایی به اسم ریش سیاه نافذ است. ریش سیاه که خودش درگیر یک جنگ با بومی ها و دیگر گروه ها شده است زمانی که پی می برد پیتر پن توانایی پرواز کردن دارد بلافاصله به او علاقه مند می شود اما پیتر به این نتیجه می رسد که در شرایط فعلی بهترین گزینه پیوستن به مخالفان ریش سیاه است. او تصمیم به فرار می گیرد اما فرار کردن از دست دزدان دریایی چندان کار ساده ای نیست، حتی اگر متحد قدرتمندی به اسم جیم هوک را در کنار خود داشته باشی....