سال 1640، لیسبونِ پرتغال. تاجری هلندی، آخرین نامه کریستووائو فریرا را به کشیش ژزوییت (یسوعی) پدر الساندرو والینتیانو می رساند. پدر فریرا سالها پیش به عنوان مبلٌغ مذهبی به ژاپن رفته؛ در دوره ای که کاتولیسیسم در ژاپن غیرقانونی بود و مسیحیان مجازات می شدند. تاجر به پدر والینتیانو خبر می دهد که پدر فریرا در ژاپن، زیر شکنجه از دین برگشته و حتی روی تمثالی از مسیح پا گذاشته. دو شاگرد پدر فریرا، پدر رودیگز و پدر گاروپه، باور نمی کنند و تصمیم می گیرند برای یافتن پدر فریرا به ژاپن بروند. پدر فریرا می کوشد آن دو را منصرف کند اما موفق نمی شود. دو کشیش با مرد ژاپنی دائم الخمری به نام کیچیحیرو برخورد می کنند که از ژاپن گریخته و از آنها خواهش می کند اجازه دهند به آنها ملحق بشود. او قول می دهد در عوض، در ژاپن راهنمایشان خواهد شد. آنها با رسیدن به ژاپن، خود را در سرزمینی با کلیساهای ویران شده مواجه می بینند که مسیحیان بسیاری در آنها شکنجه و کشته شده اند. گروه به روستای نیمه ویرانی می رسد که مسیحیان در آن به نوعی زندگی زیرزمینی را دنبال می کنند و با این حال مدام با آزارهای مقام های محلی مواجه اند....