موش های «شهر موش ها» بزرگ شده اند و هرکدام صاحب همسر و فرزندانی هستند. آنها توانسته اند "اسمشو نبر" (گربه) را شکست دهند و شهری زیبا و آرام برای خودشان بسازند. معلم در کلاس درس، از طبیعت بیرون شهر می گوید و همین امر باعث می شود مشکی، صورتی و کُپُلک از سر کنجکاوی و به رغم وجود خطر "اسمشو نبر"، به بیرون شهر بروند. آنها در پرآب رود، سبدی پیدا می کنند که در آن بچه ی "اسمشو نبر" و یک نامه از سوی مادر او قرار داده شده که از یابنده خواسته مراقب بچه اش باشد. بپه ها با وجود ترس شان، تصمیم می گیرند از او که کوچک و بی گناه است مراقبت کنند و اسمش را "پیشو جان" می گذارند. چون می دانند جای او در شهر موش ها امن نیست، او را درون حفره ای می برند که لانه ی موش کور است. موش کور قول می دهد که مراقب او باشد. اما دو روز بعد، دو گربه دیگر که از سوی رییس شان "اسی" مامور کشتن پیشو جان هستند، به لانه موش کور حمله می کنند. او ناچار خودش را به شهر موش ها می رساند و پیشوجان را به مشکی می سپارد. بچه ها به سختی و به طور مخفیانه مراقبت از او را به عهده می گیرند اما او به خاطر دوری از مادرش، بیمار می شود. موش کور هم توسط گربه ها اسیر می شود. اسی پدر پیشوجان را کشته و حالا دو مامور او می خواهند پیشوجان را بکشند تا در بزرگسالی انتقام نگیرد. از سوی دیگر، به دلیل سهل انگاری کُپُلک، خبر حضور پیشوجان در شهر پیچیده و آژان دوموشان و نیروهایش می خواهند او را بکشند. اما بچه ها در حمایت از پیشوجان، همراه او در مدرسه تحصن کرده اند و از تحویل دادنش خودداری می کنند. آنها سعی می کنند پدر و مادرهایشان را راضی کنند که او فقط یک بچه است و خطری ندارد. موش کور هم از دست گربه ها فرار کرده، به شهر می آید و پیشوجان را می برد که به مادرش برساند. بچه ها هم با او همراه می شوند و این بار بچه ها تصمیم می گیرند مانند پدر و مادرهایشان که با "اسمشو نبر" جنگیده اند، با گربه ها بجنگند. آنها نقشه ای می ریزند و پس از درگیری های زیاد، موفق می شوند دو مامور و خودِ اسی را که به شهر حمله کرده نابود کنند. شهر نجات می یابد و پیشوجان هم به نزد مادرش برمی گردد. موش کور هم با زن مورد علاقه اش نازبانو (خدمتکار خانه ی کپل و نارنجی) که از سالها پیش خواستگار او بوده، ازدواج می کند.