زمانی که سه ساله بود به دلیل شغل پدرش که مهندس شیمی بود، به چارلستون نقل مکان کرد. جنیفر در شهر کوچک چارلستون خیلی زود در مدرسه استعدادهای بازیگری اش را به معرض نمایش گذاشت که باعث تحسین معلمانش و تشویق او برای ادامه راه بازیگری شد.

وی در سال 1994 زمانی که 22 سال داشت، تجربه بازی در تئاتر را با حضور در دو نمایش شکسپیری «تاجر ونیزی» و «رویای نیمه شب تابستان» به دست آورد و در اواخر دهه 90 موفق شد نقش های کوتاهی در مجموعه های «نظم و قانون» و «Spin City» به دست آورد که موفقیت چندانی برای او به همراه نداشت.

اما بازی گارنر در سریال «آلیاس» در نقش سیدنی بریستو باعث شهرت فراوان وی شد و همچنین در فصل جوایز نیز چندین نامزدی گلدن گلاب و یک بار دریافت آن به کارنامه هنری اش افزوده شد. مجموعه «آلیاس» یکی از محبوب ترین سریال های دهه ی گذشته تلویزیون بود که بسیاری از علاقه مندان به سینما کماکان جنیفر گارنر را با این نقش به خاطر می آورند.