پدر و مادرش، چارلز و کاترین اسکورسیزی هر دو در صنعت پوشاک مشغول بودند. اما مارتین کودک نحیف و رنجوری بود که اکثر اوقات به خاطر بیماری آسم در خانه به سر می‌برد. در کودکی مذهب و حضور در کلیسا مهم ترین وجه زندگی اسکورسیزی را تشکیل می‌دادند. اسکورسیزی در محله‌هایی بزرگ شد که پاتوق ایتالیایی‌هایی خلافکار بود و همین عامل باعث شد تا در شخصیت اسکورسیزی همیشه ردی از گانگسترها به جای بماند. در دوران نوجوانی با رفتن به سینما و دیدن فیلم های آن زمان به همراه پدرش هوای سینما به سرش زد. به همین خاطر آرزوی اصلی‌اش که کشیش‌شدن بود را رها کرد و از مدرسه علوم مذهبی مستقیما به دانشگاه فیلمسازی نیویورک رفت تا در سال ۱۹۶۶ مدرک تحصیلی اش را دریافت کند. پس از دریافت مدرک لیسانس در کارگردانی سینما در سال ۱۹۶۳ از دانشگاه نیویورک فارغ التحصیل شد اما قبل از آنکه موفق به ورود به دوره فوق لیسانس شود ناچار شد به خدمت سربازی برود و به عنوان تفنگدار دریایی در جنگ ویتنام شرکت کند که به سختی نیز مجروح شد. وی پس از آن وارد دوره فوق لیسانس سینما در همان دانشگاه شد و در همان دوران شروع به ساخت فیلم‌های کوتاه کرد که با توجه بسیار روبرو شدند، مشهورترین این فیلمهای کوتاه ریش تراشی بزرگ، محصول سال ۱۹۶۷، یک فیلم کوتاه ۶ دقیقه‌ای است. اسکورسیزی در سال ۱۹۶۷ یعنی یک سال پس از فارغ التحصیلی از دانشگاه نیویورک اولین فیلم بلندش که البته فیلم پایان نامه دانجشویی او نیز محسوب می‌شد به نام «چه کسی در خانه من را می‌زند؟» را با همکاری همکلاسی‌هایش از جمله تلما شونمیکر به عنوان تدوینگر و هاروی کایتل به عنوان بازیگر ساخت که هر دو همکاری دائمی با وی یافتند.

در سال های دهه ۷۰ او و فرانسیس فورد کاپولا، برایان دی پالما، جورج لوکاس و استیون اسپیلبرگ با یکدیگر آشنا شدند که به "بچه‌های بداخلاق سینما" مشهور شدند. اینها مهم ترین و بزرگ ترین کارگردان های موج جدید سینمای آمریکا بودند که نقش بزرگ و مهمی در سبک و سیاق جدید فیلم و سینمای آن دوران بازی کردند.