چنانکه خود در خاطراتش از دوران کودکی بیان کرده، پنج ساله بود که در خلوت کودکانه‌اش آواز می‌خواند. 15 بهمن 1326 به کلاس اول می‌رود و یک سال بعد به آموزش تلاوت قرآن‌کریم نزد پدر می‌پردازد. در 9 سالگی تلاوت قرآن را آغاز می‌کند و یک سال بعد این کار را در میتینگ‌ها و اجتماعات سیاسی آن سالها ادامه می‌دهد. در سال 1331 برای نخستین بار صدایش از رادیو خراسان پخش می‌شود. سال 1332 وی عنوان شاگرد ممتاز را در بین دانش آموزان مشهدی از آن خود می‌کند و سپس در دبیرستان رضا شاه تحصیلات خود را پی می‌گیرد. همزمان در مسابقات فوتبال دبیرستان‌های مشهد هم حضور می‌یابد و در سال 1334 موفق می‌شود به تیم دانش آموزی استان راه یابد.

شجریان در سال 1336 به دانشسرای مقدماتی در مشهد می‌رود و از همین سال است که برای نخستین بار با یک معلم موسیقی به نام جوان ‌آشنا می‌شود. پی گیری جدی کار آواز سبب می‌شود تا در سال 1338 وی به اجرای آوازهایی بدون ساز  و همچنین قرائت قرآن برای رادیو خراسان بپردازد. یک سال بعد شجریان دیپلم دانشسرای عالی را می‌گیرد و به استخدام آموزش و پرورش در می‌آید و همزمان به تدریس در دبستان خواجه نظام‌الملک بخش رادکان می پردازد و نیز با سنتور آشنا می‌شود. آشنایی با سنتور این اشتیاق را در وی شدت می‌بخشد که با نُت و فراگیری سنتور نزد جلال اخباری و شروع سنتور سازی و تحقیق برای بهتر کردن صدای سنتور تجربه‌های خود در موسیقی را گسترش دهد. شجریان در همین سال (1340) با فرخنده گل افشان در شهر قوچان ازدواج می‌کند و مرداد ماه جشن عروسی می‌گیرند که حاصل این ازدواج آغاز یک زندگی سی ساله و سه دختر و یک پسر ( همایون) است.

در سال 1342 وی به عنوان مدیر دبستان از بخش رادکان به روستای شاه اباد مشهد منتقل می‌شود و در همین سال فرزند اول وی (راحله) متولد و نیز وی موفق می‌شود که اولین سنتور خود را با چوب توت بسازد. در سال 1344دختر دوم (افسانه) در مشهد به دنیا می‌آید که بعدها به همسری پرویز مشکاتیان در می‌آید.

بعد از چند سال تدریس و مدیری دبستان‌های مشهد آذر ماه 1346 شجریان به تهران منتقل می‌شود و از همان بدو ورود با استاد احمد عبادی (نوازنده و نواساز نامی سه‌تار) آشنا می‌شود و همزمان به همکاری با رادیو ایران می‌پردازد و در کنار آن به کلاس درس آواز استاد اسماعیل مهرتاش و انجمن خوشنویسان نزد استاد بوذری می‌رود. اشنایی با رضا ورزنده (استاد سنتور) در تابستان همین سال. اجرا و ضبط اولین برنامه در رادیو ایران که با عنوان "برگ سبز شماره ی 216" در شب جمعه 15 اذر ماه پخش شد از دیگر فعالیت‌های شجریان در این سال به شمار می رود.

کار در رادیو با نام مستعار "سیاوش بیدکانی" تا سال 1350 خورشیدی و بعد در رادیو و تلویزیون با نام خودش از جمله تلاش‌های شجریان در مسیر زندگی هنری‌اش به شمار می‌رود. در سال 1347 از آموزش و پرورش به وزارت منابع طبیعی انتقال می یابد و همزمان به کلاس خوشنویسی استاد حسن میرخانی می‌رود. دختر سوم وی مژگان در 27 اردیبهشت درتهران متولد می‌شود و در همین سالهاست که وی برنامه‌هایی  با استاد احمد عبادی، لطف الله مجد، اجرا می‌کند.

در سال 1349 همکاری خود با  با برنامه‌های تلویزیون ملی ایران را آغاز می‌کند و همزمان به دریافت خوشنویس ممتاز نایل می‌شود. در سال 1350 با استاد فرامرز پایور آشنا می‌شود. به مشق سنتور و اموزش ردیف اوازی صبا نزد ایشان می‌پردازد. در همین سال است که ویهوشنگ ابتهاج سایه آشنا می شود و به همکاری با برنامه "گلها"ی تازه رادیو می‌پردازد. در سال 1351 شجریان ضمن همکاری در برنامه گلها با استاد نورعلی خان برومند آشنا می‌شود و به آموزش سبک و شیوه آوازی طاهرزاده نزد وی مشغول می‌شود. آشنایی با استاد دوامی و نیز آموختن ردیف‌های آوازی از دیگر توفیقات شجریان دراین سال بود.

در سال 1352 وی به اتفاق گروهی از هنرمندان از جمله محمدرضا لطفی، ناصر فرهنگ فر، حسین علیزاده، جلال ذوالفنون، داود گنجه‌ای، مقدسی، حدادی و دیگران هنرمندان مرکز حفظ و اشاعه موسیقی را به سرپرستی استاد داریوش صفوت بنا می‌گذارند. در سال 1354 همایون متولد می‌شود و از همان سال اجرای وی برای کشور های خارجی هم آغاز می‌شود.

1355: شرکت در جشنواره توس (نیشابور) با فرامرز پایور، سایه، حسن ناهید، رحمت الله بدیعی، محمد اسماعیلی، عبدالوهاب شهیدی و هوشنگ ظریف. حضور در برنامه جشن هنر حافظیه شیراز با محمدرضا لطفی و فرهنگفر و اجرای برنامه راست پنجگاه.  در همین سال وی به همراه ابتهاج سایه و برخی دیگر از هنرمندان از رادیو کناره گیری می‌کنند.

وی شیوه‌های آوازی اقبال السلطان، تاج اصفهانی، میرزا ظلی، ادیب خوانساری، حسین قوامی و بنان را روی صفحات و نوارها به‌دقت دنبال کرد. از سال 1354، تدریس هنرجویان را در رشته آواز در دانشکده هنرهای زیبای دانشگاه تهران آغاز کرد. در سال 1356 شرکت دل آواز را تاسیس و نیز در سال 1357 در مسابقات تلاوت قرآن سراسر کشور به مقام نخست می‌رسد. در سال 1358 با غلامرضا دادبه آشنا می‌شود و سپس آلبوم‌های مختلفی را با گروه پایور و نیز آلبوم‌های دیگری را با گروه شیدا و عارف کار می‌کند.

در فاصله سال‌های دهه شصت شجریان همکاری گسترده‌ای را با پرویز مشکاتیان آغاز می‌کند که حاصل ‌آن آلبوم‌های ماهور، بیداد، نوا، دستان و .. است. در همین سال‌ها وی به اتفاق گروه عارف کنسرت‌هایی را در خارج از ایران اجرا می‌کند. از سال 1368 وی با گروه داریوش پیرنیاکان و جمشید عندلیبی به اجرای کنسرت در آمریکا و اروپا می‌پردازند. این گروه در سال بعد و به دلیل زلزله رودبار کنسرت‌هایی را در جمع آوری کمک مردم دنیا در اروپا و آمریکا اجرا می‌کنند.

در سال 1371 پس از ازدواج با همسر دوم کتایون خوانساری به اجرای کنسرت‌های مرحله دوم در امریکا با داریوش پیرنیاکان، جمشید عندلیبی و همایون شجریان (اگوست تا نوامبر) می ‌پردازد. انتشار آلبوم یاد ایام، آسمان عشق و نیز دلشدگان حاصل این سال‌ها است. در سال 1374 وی کنسرت‌هایی را در شهرهای اصفهان، شیراز، ساری، کرمان و سنندج برگزار می‌کند و در همین سال آلبوم چشمه نوش (‌با محمدرضا لطفی) گنبد مینا، جان عشاق، مدتی بعد در خیال را با همکاری مجید درخشانی منتشر می‌کند. در سال 1376 فرزند دیگر شجریان به نام رایان از همسر دوم متولد می شود و یک سال بعد  وی آلبوم شب؛ سکوت، کویر را با آهنگسازی کیهان کلهر منتشر می‌کند.

شجریان در سال 1378 جایزه افتخاری یونسکو را دریافت می‌کند (‌جایزه پیکاسو) و کتاب راز مانا نیز از وی درسال 1379 منتشر می‌شود.

از یکی دو سال بعد وی به اتقاق کیهان کلهر ، حسین علیزاده و همایون شجریان کنسرت‌هایی را در اروپا و آمریکا اجرا می‌کنند که حاصل آن آلبوم‌های نوا، داد و بیداد، زمستان است. شجریان به اتقاق علیزاده و کلهر و فرزندش در زمستان سال 1383 به مناسبت زلزله بم کنسرتی را درتهران برپا می‌کنند و همزمان اعلام می‌کنند که قصد دارند مجتمعی را به نام "باغ هنر بم" بسازند که DVD همنوا بابم حاصل چنین اندیشه‌ای است. شجریان پس از آن در سال 1384 نیز کنسرتی دیگر با علیزاده، کلهر و همایون در تالار کشور برگزار می‌کند. وی هم اینک با گروه آوا کنسرت‌هایی را در داخل و خارج از ایران اجرا می‌کند.