مادرش روان شناس و پدرش پزشک بودند. لونرگان برای اولین بار در مدرسه والدن در نیویورک شروع به نوشتن نمایشنامه کرد و تعدادی از نمایشنامه های او در مدرسه در دوران تحصیلش به روی صحنه رفت. پس از اتمام تحصیلات متوسطه، در دانشگاه وسلی در رشته نمایشنامه نویسی و کارگردانی ادامه تحصیل داد و کارشناسی ارشدش را در رشته فیلمنامه نویسی در دانشگاه نیویورک به اتمام رساند.