زمانی که او هشت ساله بود مادرش تصمیم گرفت به دلیل اعتیاد شدید همسرش به الکل از او جدا شود و کیسی را به تنهایی بزرگ کند. با این حال پس از این اتفاق پدر افلک به یک مرکز بازپروری رفت و توانست اعتیادش را ترک کرده و دوباره ارتباط مناسبی با خانواده برقرار نماید.

کیسی در دوران تحصیل و در مقطع دبیرستان به شدت تحت تاثیر معلم نمایش خود قرار گرفت با این حال در دوران دانشگاه مدت کوتاهی در رشته های حقوق سیاسی و فلسفه به تحصیل پرداخت اما بدون دریافت مدرکی از دانشگاه انصراف داد.

اولین تجربه بازیگری افلک در سال 1995 و در کمدی سیاه گاس وان سنت به نام «به خاطرش مردن» به دست آمد که بازی وی با تحسین منتقدان همراه بود. وی در سال 1996 همبازی برادر مشهورش بن افلک در فیلم های «به دنبال اِیمی» و «ویل هانتینگ خوب» شد که از جمله آثار موفق سال بودند.

در سالهای بعد کیسی افلک در سینما اغلب در آثار مستقل حضور یافته که همواره با تحسین منتقدان همراه بوده است. وی در سال 2007 برای بازی در فیلم «ترور جسی جیمز به دست رابرت فورد بزدل» موفق شد نامزدی اسکار بهترین بازیگر مکمل مرد را به دست آورد.