پدربزرگ و مادر بزرگ پدری او از لبنان به نیویورک مهاجرت کرده بودند، جایی که پدر شکیرا در آن به دنیا آمده بود. مادر او هم تبار اسپانیایی و ایتالیایی دارد.

او اولین شعر خود را در سن 4 سالگی با نام "La Rosa De Cristal" سرود. هنگام کودکی و نوجوانی، پدرش را می دید که با ماشین تحریر، داستان می نوشت و مجذوب این کار شد و یکی از دستگاه ها را برای هدیه کریسمس تقاضا کرد. او در سن هفت سالگی به آرزوی خود رسید و شعر نوشتن را ادامه داد. این اشعار در نهایت به ترانه تبدیل شدند. در دوسالگی، برادر بزرگش در تصادفی با موتور سیکلت کشته شد و در هشت سالگی، اولین ترانه خود را با نام "Tus Gafas Oscuras" نوشت که از عینک دودی پدرش که برای غم و اندوهش به چشمانش زده بود، الهام گرفته بود. زمانی که شکیرا چهار ساله بود پدرش او را به یک رستوران در خاور میانه برد، جایی که او برای اولین بار صدای دمبک را شنید و رقص عربی را دید. در سال دوم از گروه کُر مدرسه رد شد چون صدای خیلی قوی داشت. بین سنین ده تا سیزده سالگی او به وقایع مهمی در شهر خود دعوت شد و این باعث شد که در شهر خود شناخته شود. در این زمان بود که او تهیه کننده تئاتر محلی را ملاقات کرد. او از سال 2010 دوست دختر جرارد پیکه مدافع معروف تیم بارسلوناست و از او در سالهای 2013 و 2015 دو پسر به نام های میلان و ساشا دارد.

شکیرا یکی از نمایندگان رسمی باشگاه فوتبال بارسلونا برای طرح‌های خیریه این باشگاه است. باشگاه بارسلونا و بنیاد دسکالزوس توافق نامه‌ای را برای اجرای پروژه «توسعه فوتبال برای جوانان و زندگی سالم» در شهرهای آمریکا و کلمبیا امضاء کردند. شکیرا یکی از نمایندگان اصلی باشگاه بارسلونا برای اجرای این پروژه خیریه در کشور زادگاهش کلمبیا و آمریکاست.