او فرزند دکتر علی پرتو (متخلص و مشهور به شین پرتو) شاعر نوپرداز بود. مدرک دیپلم خود را از هنرستان صنعتی تهران گرفت و مدتی عکاس، خبرنگار و ویراستار مطبوعات بود. از کودکی با پطرس پالیان – یکی از فیلمبرداران خوب آن سالهای سینمای ایران – دوست بود و از طریق وی در سالهای 1333 تا 1334 خود را به اواخر دوره ی برگزاری کلاس هایی که از سوی دانشگاه سیراکیوز در ایران برگزار می شد رساند. پرتو هرچند که به صورت مستمع آزاد در این دوره حضور یافت ولی در پایان، بهترین نمره را در رشته فیلمبرداری گرفت و به استخدام اداره هنرهای زیبا و سپس وزارت فرهنگ و هنر درآمد. در ادامه، در «شب نشینی در جهنم» بازی کرد و اندکی هم فیلمبرداری و همکاری با طراح صحنه ی فیلم را به تجربه هایش افزود. سپس مدتی به فیلمبرداری فیلم های خبری پرداخت که در آن سالها قبل از شروع فیلم اصلی در سینماها به نمایش درمی آمدند و بخشی از آنها در سالها بعد به صحنه های آرشیوی «خداحافظ تهران» راه یافت. پس از فیلمبرداری «هاشم خان» از کار اداری کناره گرفت و جذب سینمای حرفه ای شد؛ آن هم بهترین دوره ی سینمای ایران "موج نو" نامیده می شد.

به این ترتیب، نام مازیار پرتو به عنوان یکی از آدم های موثر در شکل گیری و تداوم موج نو سینمای ایران ثبت شد. پرتو با یکی از دو فیلم تثبیت کننده ی فیلمسازان جوان به موج نو پیوست و نقشی بارز در راه افتادن این موج داشت، به طوری که نمی توان منکر نقش او در شکل گیری «قیصر» شد. او نقشی بی بدیل در اجرای بافته های تصویری ذهنِ پرآرزوی کیمیایی جوان و آنچه که هنوز هم "عکس نویسی" [معادل دکوپاژ] می نامدش ایفا کرد. اتفاقا از این نظر «قیصر» یکی از بهترین فیلم های سازنده اش (حتی شاید بهترین آنها باشد. به عنوان نمونه ی کادربندی ها و نورپردازی موفق و نسبتا دقیق، می توان از صحنه ی وداع قیصر با نامزدش اعظم نام برد؛ جایی که پوری بنایی با چرخش آتش گردان، تردیدی موقت در دلِ قیصر می اندازد و باقی ماجرا. پرتو که فیلمبرداری روی دستش در سینمای ایران معروف بود، توفیقش را مرهون سالها کار خبری با دوربین می دانست: "در قیصر تقریبا 75 درصد کارم روی دست بود. به علاوه در تمامی کارهایی که در آن زمان می کردم، لااقل 50 درصد فیلمبرداری روی دست انجام می شد."

مازیار پرتو چند فیلم را هم کارگردانی و تدوین کرد که هر بار، عاملی باعث این رخداد شد. این فیلم ها (شاید بجز «گرگ بیزار») از سینمای رایج آن زمان چندان دور نبودند. پس از انقلاب نیز بیش از 80 درصد از «خبرچین» (1366) را که ابتدا نصرالله زمردیان به عنوان نخستین فیلمش ساخته بود، پس از مردود شدن توسط مسئولان سینمایی، بازسازی کرد. اما در نهایت در عنوان بندی و پوستر فیلم، نام زمردیان به عنوان کارگردان قید شد و اسم پرتو در جایگاه همکار آمد؛ چرا که او در نهایت راضی نشده بود امضایش را پای فیلم بگذارد. در دهه های 1360 و 1370 با نمایش موفق سریال های «هزاردستان» و «امام علی» جلوه های دیگری از توانایی و هنر خویش را عرضه کرد. به جز اینها تدریس فیلمبرداری عملی در مدرسه عالی هنر و تلویزیون و مراکز آموزشی دیگر را نیز بر کارنامه خود افزود. سال 1382 در جشن خانه سینما به خاطر یک عمر فعالیت از او تقدیر شد یک بار هم از نگارش کتاب خاطراتش سخن گفت و امیدوار بود که روزی منتشرش کند.

مازیار پرتو در دهه ی اخیر بیشتر ساکن آمریکا بود و سرانجام روز دوم بهمن 1392 پس از یک دوره بیماری طولانی در کالیفرنیا درگذشت.