پدرش ادوارد، استاد اقتصاد دانشگاه مینه سوتا و مادرش رِنا، استاد تاریخ در دانشگاه سنت کلود بود. در کودکی، اتان توانست با یک دوربین سوپر 8 که برادرش جوئل خریده بود به اتفاق و همراهی او فیلم‌هایی را که در تلویزیون دیده بودند بازسازی کنند. آن‌ها از پسر همسایه‌شان زیمرس برای بازی در این فیلم‌ها استفاده می‌کردند. از نخستین فیلم‌هایی که در این دوره با دوربین سوپر 8 خود ساختند می‌توان به فیلم «هنری کیسینجر» و «مرد پرمشغله» اشاره کرد. ایتان سال 1976 از دبیرستان سنت لوئیس پارک فارغ التحصیل شد و در رشته فلسفه دانشگاه برینستون ادامه تحصیل داد. پایان‌نامهٔ وی مقاله‌ای بود با عنوان "دو رویکرد به فلسفهٔ متاخر وینگنشتاین".

اتان در سال 1984 به اتفاق برادرش جوئل نخستین فیلم بلندشان را با عنوان «خون ساده» جلوی دوربین برد. به طور کلی می‌توان سینمای کوئن‌ها را سینمایی دانست که چندان به سبک و سیاق خاصی پابند نیست، چرا که آن‌ها انواع مختلفی از فیلم ساخته‌اند. اما یک ویژگی عمده در اکثر این فیلم‌های کوئن ها فضای طنزآمیز و شوخی‌های فراوان است. در مورد این که آیا فیلم‌های کوئن‌ها عمیق و بامعنی هستند یا فقط نوعی جک و شوخی ساده محسوب می‌شوند نمی‌توان به راحتی قضاوت کرد. با توجه به این که اتان در رشتهٔ فلسفه درس خوانده نباید وجه فلسفی آثار این دو برادر را فراموش کرد.

اتان کوئن در سال 1990 با تریشیا کوک  - تدوینگر فیلم - ازدواج کرده است.