پدرش‌ تیم‌ افلک روانشناس‌ است و مادرش‌ کریس‌ افلک هم معلم‌. بن‌ یک‌ برادر کوچکتر به‌ نام‌ کیسی‌ افلک دارد که‌ او هم بازیگر سینماست. در سن‌ 8 سالگی‌ به‌ او پیشنهاد بازی‌ در یک‌ سریال‌ تلویزیونی‌ به نام‌ «سفر دریایی‌ با می‌می‌» شد. او چندی بعد با بهترین و صمیمی ترین دوست دوران زندگی اش مت‌ دیمون آشنا شد. اولین‌ نقش مهمی که‌ بن‌ در آن‌ بازی‌ کرد فیلم‌ «گیج‌ و مبهوت‌» در سال‌ 1993 است.